1樓：匿名使用者
1.讀取日誌檔案。對於bowtie的日誌，其中會包括如下的描述：
31991083 reads; of these:
31991083 (100.00%) were unpaired; of these:
6844445 (21.39%) aligned 0 times18391269 (57.49%) aligned exactly 1 time
6755369 (21.12%) aligned >1 times78.61% overall alignment rate從中，我們就可以瞭解到測序檔案的總reads數為31991083,其中100%是unpaired。
其中，21.39%沒有比對成功，有57.49%確定為一個比對位點，有21.
12%有多餘一處位點。
如何計算cuffdiff中的fpkm值
2樓：末你要
fpkm與rpkm計算方法基本一致。公式如下：
其中c是map至該基因的外顯子上的片斷數，n是所有map至基因組的測序reads的鹼基數，l就是該基因外顯子鹼基全長。
在cuffdiff中，它會將同一組中所有的樣品試為同一**樣品處理，這就是為什麼同一組內如果有三個樣品的話，最終得到fpkm值並不是三個樣品單獨運算得到的fpkm值的平均值。
轉錄組中的readcount與fpkm有什麼區別
3樓：悠空之殤
今天就被問了這個提問。。。
除了基本含義不一樣外。
fpkm是標準化後的資料，counts是沒有標準化的資料
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一般而言,為了確定從樣本 sample 統計結果推論至總體時所犯錯的概率,會利用統計學家所開發的一些統計方法,進行統計檢定.x0d通過把所得到的統計檢定值,與統計學家建立了一些隨機變數的概率分佈 probability distribution 進行比較,可以知道在多少 的機會下會得到目前的結果.倘...