1樓:匿名使用者
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2樓:匿名使用者
請看來下面自連結bai的視du頻介紹
454的測序原理是什麼?
3樓:匿名使用者
454測序原理:
焦磷酸測序依靠生物發光進行dna序列分析的新技術;
在dna聚合酶,atp硫酸化酶,熒光素酶和雙磷酸酶的協同作用下,將引物上每一個dntp的聚合與一次熒光訊號釋放偶聯起來.通過檢測熒光訊號釋放的有無和強度,就可以達到實時測定dna序列的目的.此技術不需要熒游標記的引物或核酸探針,也不需要進行電泳;
具有分析結果快速、準確、靈敏度高和自動化的特點.\x0droche gs flx system是一種基於焦磷酸測序原理而建立起來的高通量基因組測序系統.在測序時,使用了一種叫做「pico titerplate」(ptp)的平板,它含有160多萬個由光纖組成的孔,孔中載有化學發光反應所需的各種酶和底物.
測序開始時,放置在四個單獨的試劑瓶裡的四種鹼基,依照t、a、c、g的順序依次迴圈進入ptp板,每次只進入一個鹼基.如果發生鹼基配對,就會釋放一個焦磷酸.這個焦磷酸在各種酶的作用下,經過一個合成反應和一個化學發光反應,最終將熒光素氧化成氧化熒光素,同時釋放出光訊號.
此反應釋放出的光訊號實時被儀器配置的高靈敏度ccd捕獲到.有一個鹼基和測序模板進行配對,就會捕獲到一分子的光訊號;
由此一一對應,就可以準確、快速地確定待測模板的鹼基序列.
關於454焦磷酸測序的原理問題
4樓:匿名使用者
1,對bai高通量測序來說,如
du果是測基因組相當於做zhi鳥槍dao庫測序,而不是針對特回定位置來測得答。
2,無法保證。所以實際上每次測一個基因組,其實要獲得測至少6倍以上基因組大小的資料。通過過量的資料來拼接,最後再把仍然沒解決的gap用一代測序cover掉。
3,理論上,是這樣。一個接一個的進入。
4,我忘記454是幾色螢光了。應該是單色,還需加入洗滌同步的時間,要遠大於4at。ngs快不是指並不是每個迴圈快,而是每次獲得的資訊量大。
ngs每次跑的時間要數倍於一代測序,但是獲得的資訊量要千倍於一代測序。如果想要大量資料,自然是ngs快的多。說它價錢便宜也是同樣道理。
誰來說說illumina 454 abi 測序的區別
5樓:匿名使用者
首先bai從原理上說,illumina測序du晶片是橋式擴增,形zhi成「簇」,dao終止子法
版,雙向測序;454是磁珠法擴增,權利用聚合反應副產物ppi後續反應,得到熒光;abi的solid系統同樣是磁珠法擴增,但利用的是連線反應(具體方法略顯複雜)。
其次從效能上說,illumina測序儀的通量極大,目前的hiseq x已經達到1.6-1.8t;454則是讀長最長(這三款);abi因為其連線反應測序的特點,其精度應該是最高的。
最後扒一扒他們的短兒,illumina**昂貴,尤其後期的極高通量的測序儀不是一般實驗室能承受的。同時他們的儀器或許都有人看管,指定該類儀器只能進行某種生物樣本的測序,當然其實價效比依然在;454的缺點,只在這三者中比的話,就是其同聚物準確度偏低;對於solid,就是讀長特別短,同時因為solid的測序原理,測序系統都相對複雜,因此solid系統不好升級,到了目前似乎已經很少聽說solid系統了。
高通量測序分的原理是什麼?
6樓:天涯海角七樓號
對dna分子進行
序列測定。
1.對幾十萬到幾百萬條dna分子進行序列測定和一般讀長較短等為標誌。
2.根據發展歷史、影響力、測序原理和技術不同等,主要有以下幾種:大規模平行簽名測序(massively parallel signature sequencing, mpss)、聚合酶克隆(polony sequencing)、454焦磷酸測序(454 pyrosequencing)、illumina (solexa) sequencing、abi solid sequencing、離子半導體測序(ion semiconductor sequencing)、dna 奈米球測序 (dna nanoball sequencing)等。
3.高通量測序技術是對傳統測序一次革命性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條dna分子進行序列測定,因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(next generation sequencing)足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細緻全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deep sequencing)。
參考資料
麻煩各位幫我講解一下高通量測序的原理,分別講講454、solexa和solid這三個平臺的原理是怎樣的
7樓:匿名使用者
你這問題太大了,
真不好說,
你去看看各個公司的protocol估計會明白。
有問題發信吧。
第二代基因測序技術的流程分別是什麼,四種,roche 454測序技術,illumina solexa測序技術,abi solid測序
8樓:匿名使用者
454測序:dna文庫製備→empcr→上機測序
solexa測序:文庫製備→cluster擴增→邊合成邊測序
solid測序:樣品製備→emulsion pcr和底物準備→測序反應→影象收集→資料分析
9樓:美美
這一句兩句能說清楚嗎,逗人玩呢吧
基因組高通量測序的原理
10樓:暴走少女
測序方案建立在雙脫氧測序法(sanger等,1977)的基礎上。為了從每一克隆插入片段兩端成對地進行測序,每一個質粒模板dna板應配備兩個384孔迴圈測序反應板。
機械臂負責等分模板試樣,起與反應液混合的作用,反應液含有雙脫氧核苷酸、熒游標記的核苷酸、taqdna聚合酶、序列引物和緩衝液。
模板和反應板有條形碼,且在biomekfx移液操作工作站上有條形碼讀取器跟蹤,確保模板和反應液轉移中沒有錯誤。30~40線性擴增步驟連續迴圈在mjresearchtetrads或9700熱迴圈儀(ap—pliedbiosystems)中進行。
第二代dna測序技術的操作流程
11樓:咪浠w眯兮
操作流程如下:
1、測序文庫的構建
首先準備基因組,然後將dna隨機片段化成幾百鹼基或更短的小片段,並在兩頭加上特定的接頭。如果是轉錄組測序,則文庫的構建要相對麻煩些,rn**段化之後需反轉成cdna,然後加上接頭,或者先將rna反轉成cdna,然後再片段化並加上接頭。
2、錨定橋接
solexa測序的反應在叫做flow cell的玻璃管中進行,flow cell又被細分成8個lane,每個lane的內表面有無數的被固定的單連結頭。上述步驟得到的帶接頭的dna 片段變性成單鏈後與測序通道上的接頭引物結合形成橋狀結構,以供後續的預擴增使用。
3、預擴增
新增未標記的dntp 和普通taq 酶進行固相橋式pcr 擴增,單鏈橋型待測片段被擴增成為雙鏈橋型片段。通過變性,釋放出互補的單鏈,錨定到附近的固相表面。通過不斷迴圈,將會在flow cell 的固相表面上獲得上百萬條成簇分佈的雙鏈待測片段。
4、單鹼基延伸測序
在測序的flow cell中加入四種熒游標記的dntp 、dna聚合酶以及接頭引物進行擴增,在每一個測序簇延伸互補鏈時,每加入一個被熒游標記的dntp就能釋放出相對應的熒光,測序儀通過捕獲熒光訊號,並通過計算機軟體將光訊號轉化為測序峰,從而獲得待測片段的序列資訊。
5、資料分析
這一步嚴格來講不能算作測序操作流程的一部分,但是隻有通過這一步前面的工作才顯得有意義。測序得到的原始資料是長度只有幾十個鹼基的序列,要通過生物資訊學工具將這些短的序列組裝成長的contigs甚至是整個基因組的框架,或者把這些序列比對到已有的基因組或者相近物種基因組序列上,並進一步分析得到有生物學意義的結果。
illumina/solexa genome analyzer測序的基本原理是邊合成邊測序。在sanger等測序方法的基礎上,通過技術創新,用不同顏色的熒游標記四種不同的dntp,當dna聚合酶合成互補鏈時,每新增一種dntp就會釋放出不同的熒光,根據捕捉的熒光訊號並經過特定的計算機軟體處理,從而獲得待測dna的序列資訊。
12樓:kyoya六
1)測序文庫的構建(library construction)
首先準備基因組(雖然測序公司要求樣品量要達到200ng,但是gnome analyzer系統所需的樣品量可低至100ng,能應用在很多樣品有限的實驗中),然後將dna隨機片段化成幾百鹼基或更短的小片段,並在兩頭加上特定的接頭(adaptor)。如果是轉錄組測序,則文庫的構建要相對麻煩些,rn**段化之後需反轉成cdna,然後加上接頭,或者先將rna反轉成cdna,然後再片段化並加上接頭。片段的大小(insert size)對於後面的資料分析有影響,可根據需要來選擇。
對於基因組測序來說,通常會選擇幾種不同的insert size,以便在組裝(assembly)的時候獲得更多的資訊。
2)錨定橋接(su***ce attachment and bridge amplification)
solexa測序的反應在叫做flow cell的玻璃管中進行,flow cell又被細分成8個lane,每個lane的內表面有無數的被固定的單連結頭。上述步驟得到的帶接頭的dna 片段變性成單鏈後與測序通道上的接頭引物結合形成橋狀結構,以供後續的預擴增使用。
3)預擴增(denaturation and complete amplification)
新增未標記的dntp 和普通taq 酶進行固相橋式pcr 擴增,單鏈橋型待測片段被擴增成為雙鏈橋型片段。通過變性,釋放出互補的單鏈,錨定到附近的固相表面。通過不斷迴圈,將會在flow cell 的固相表面上獲得上百萬條成簇分佈的雙鏈待測片段。
4)單鹼基延伸測序(single base extension and sequencing)
在測序的flow cell中加入四種熒游標記的dntp 、dna聚合酶以及接頭引物進行擴增,在每一個測序簇延伸互補鏈時,每加入一個被熒游標記的dntp就能釋放出相對應的熒光,測序儀通過捕獲熒光訊號,並通過計算機軟體將光訊號轉化為測序峰,從而獲得待測片段的序列資訊。從熒光訊號獲取待測片段的序列資訊的過程叫做base calling,illumina公司base calling所用的軟體是illumina』s genome analyzer sequencing control software and pipeline analysis software。讀長會受到多個引起訊號衰減的因素所影響,如熒游標記的不完全切割。
隨著讀長的增加,錯誤率也會隨之上升。
5)資料分析(data analyzing)
這一步嚴格來講不能算作測序操作流程的一部分,但是隻有通過這一步前面的工作才顯得有意義。測序得到的原始資料是長度只有幾十個鹼基的序列,要通過生物資訊學工具將這些短的序列組裝成長的contigs甚至是整個基因組的框架,或者把這些序列比對到已有的基因組或者相近物種基因組序列上,並進一步分析得到有生物學意義的結果。
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